Хербициди делују тако што ометају физиолошке и биохемијске процесе корова путем хемијских супстанци, што доводи до њихове смрти или инхибиције раста. Механизми деловања хербицида су различити, углавном укључују следеће:
1. Ометање фотосинтезе: На пример, триазински хербициди блокирају фотосинтетски ланац транспорта електрона, узрокујући умирање корова јер не могу да синтетишу енергију;
2. Инхибиција синтезе аминокиселина: На пример, глифосат инхибира ЕПСП синтазу, блокирајући синтезу ароматичних амино киселина;
3. Поремећај ћелијске деобе: На пример, хербициди динитроанилина инхибирају формирање микротубула, спречавајући деобу ћелија;
4. Опонашање биљних хормона: На пример, 2,4-Д претерано стимулише раст, што доводи до деформисаних и мртвих корова. Селективност хербицида зависи од метаболичких разлика између усева и корова; неселективни хербициди имају убијајући ефекат на све биљке.
